Медицинское обслуживание детей осуществляется СПб ГБУЗ «Городская поликлиника №65» по договору на базе медицинского блока учреждения.

     Медицинский блок включает в себя: кабинет врача, процедурный и прививочный кабинеты.

     В соответствии со статьей 41 главы 4 Федерального закона от 29 декабря 2012 № 273-ФЗ «Об образовании в Российской Федерации» ГБОУ Гимназия № 399 Красносельского района Санкт-Петербурга создаёт условия, гарантирующие охрану и укрепление здоровья обучающихся, в том числе инвалидов и лиц с ограниченными возможностями здоровья. Основные направления охраны здоровья:

- оказание первичной медико-санитарной помощи в порядке, установленном законодательством в сфере охраны здоровья, организация питания учащихся;
- определение оптимальной учебной, внеучебной нагрузки, режима учебных занятий и продолжительности каникул;
пропаганда и обучение навыкам здорового образа жизни, требованиям охраны труда;
- организация и создание условий для профилактики заболеваний и оздоровления учащихся, для занятия ими физической культурой и спортом;
- прохождение учащимися в соответствии с законодательством Российской Федерации периодических медицинских осмотров и диспансеризации;
- профилактика и запрещение курения, употребления алкогольных, слабоалкогольных напитков, пива, наркотических средств и психотропных веществ;
- обеспечение безопасности учащихся во время пребывания в школе;
- профилактика несчастных случаев с учащимися во время пребывания в школе;
- проведение санитарно-противоэпидемических и профилактических мероприятий.